A origem do nome de Cuba assume duas versões distintas: a primeira refere que após a conquista aos árabes no tempo de D. Sancho II, teria sido encontrada grande quantidade de cubas para guardar vinho. Daí o nome. Já a segunda versão diz que a origem do topónimo é muito anterior à Reconquista e deriva do árabe Coba, diminutivo de “torre”.
A ocupação humana do concelho é muito antiga. Existem registos arqueológicos que provam, por si só, a existência de uma civilização megalítica cerca de 3000 anos antes da nossa era. Várias antas foram encontradas, umas situadas nos arredores de Vila Alva e outras próximas de Albergaria dos Fusos. Vários achados de sílex, machados e outros utensílios também foram encontrados, o que evidencia uma ocupação do período paleolítico. Da época romana abundam os vestígios, desde a ponte sobre a ribeira de Odivelas, a represa de Vila Alva, vilas rústicas da Panasqueira e do Monte do Outeiro. Vários pequenos objectos há muito que são por aqui encontrados, lembrando André Resende, que na sua História da Antiguidade de Évora refere isso mesmo.
Do tempo do domínio árabe não se encontram monumentos ou ruínas porque as lutas da Reconquista, na maioria dos casos, arrasaram vilas e cidades. A povoação, iminentemente rural, iniciou-se no Monte do Outeiro e depois passou para uma zona mais plana, nas proximidades do primeiro lugar. Os registos que referem a existência de Cuba são do Século XIII, quando a povoação pertencia ao concelho de Beja e depois ao de Cónegos Regrantes de Santo Agostinho. Os direitos de Cuba ficaram depois na posse de D. Dinis e de D. Fernando, que fez doação ao fidalgo castelhano Afonso de Carvajal, tendo-lhe pertencido até 1374, data em que este abandonou o reino. Seguidamente deu-a de “jure e herdade” a Vasco Martins de Melo, seu guarda-mor.
No Século XVI pertenceu ao Infante D. Luís, quarto filho do segundo casamento de D. Manuel. Foi este infante que mandou construir o chamado Paço dos Infantes, de que hoje apenas resta um portal manuelino colocado como porta da Igreja de Nossa Senhora da Conceição da Rocha. Nesta Palácio jantou D. Sebastião em 1573. O concelho foi criada em 1782, por alvará de D. Maria I, e passaram para o concelho de Cuba, as freguesias de Pedrógão, Marmelar, Selmes e parte de S. Matias. Nessa época, Vila Alva, Vila Ruiva, Faro do Alentejo e Albergaria dos Fusos ainda constituíam concelhos independentes. A situação manteve-se até 1839, quando os últimos quatro concelhos foram extintos.
